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需要办理境外投资本案证书注销的情况有两种：一是境外子公司要办理注销，所有的海外业务不再经营，要办理注销，此时企业境外投资备案证书也需要办理注销事项的。
二是境外子公司的股份要转让给其他海外的公司或者海外个人，中国大陆的企业不在持有境外公司的股份。以上两种情况是需要办理境外投资备案证书注销事宜。
一、法定依据
（一）《对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（2004年令第412号发布）附件：对确需保留的行政审批项目设定行政许可的目录第191项“国内企业在境外开办企业（金融企业除外）核准”。
（二）《境外投资管理办法》（2014年商务部令第3号发布）第十七条：“企业终止已备案或核准的境外投资，应当在依投资目的地法律办理注销等手续后，向原备案或核准的商务部或省级商务主管部门报告。原备案或核准的商务部或省级商务主管部门根据报告出具注销确认函。”
（三）《商务部办公厅关于做好境外投资管理工作的通知》（商办合函〔2014〕663号）。
（四）《商务部办公厅关于境外投资备案实行无纸化管理和简化境外投资注销手续的通知》（商办合函〔2015〕197号）
二、申请条件，
经省商务厅备案的境外投资企业或境外分支机构；经商务部核准的地方企业的境外投资企业或境外分支机构。
三、申报材料
（一）企业通过商务部对外投资合作信息服务系统“境外投资管理系统”按要求填写、提交申请后打印《企业境外投资终止报告表》。
（二）《企业境外投资证书》或《企业境外机构证书》（以下统称《证书》）原件。
四、办理程序，
（一）企业向省政务服务和资源交易服务中心政务服务平台商务厅窗口（以下简称“商务厅窗口”）提交备案申请材料。
（二）商务厅收到企业申请材料后，对于申请材料不齐全或者不符合法定形式的，在3个工作日内一次性书面告知申请企业需要补正的全部内容。
（三）企业申请材料齐全、符合法定形式的，商务厅自受理之日起3个工作日内出具注销确认函。
（四）企业取件人到省政务服务和资源交易服务中心政务服务平台商务厅窗口领取《企业境外投资注销确认函》。
