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疫苗註射雖然大都安全有效的，但依然有可能引起副作用。例如註射後，可能會出現針口位置疼痛及紅腫、肌肉痛、頭痛、疲倦、發燒等，但大多的癥狀屬輕微，並會在短時間內自動消退。部分案例顯示，有人在接種疫苗後出現過敏性休克（anaphylaxis），當中大部分人曾有敏感或過敏反應的記錄。而科興及BioNTech疫苗都有列明，如對該疫苗及其成分有過敏反應、曾發生嚴重過敏反應的人士，均不建議接種疫苗。
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