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固态硬盘虽然有很多普通硬盘不可比拟的优势，但是也有很多缺点：
1、成本高。
每单位容量价格是传统硬盘的5~10倍（基于闪存），甚至200~300倍（基于DRAM）。但是随着固态硬盘使用范围的扩大，价格已经越来越贫民化，跟普通硬盘价格区别已经不那么大了。所以固态硬盘费用高这一点劣势已经越来越淡化掉了。
2、由于不像传统硬盘那样屏蔽于法拉第笼中，固态硬盘更易受到某些外界因素的不良影响。如断电（基于DRAM的固态硬盘尤甚）、磁场干扰、静电等。
3、写入寿命有限（基于闪存）。一般闪存写入寿命为1万到10万次，特制的可达100万到500万次，然而整台计算机寿命期内文件系统的某些部分（如文件分配表）的写入次数仍将超过这一极限。特制的文件系统或者固件可以分担写入的位置，使固态硬盘的整体寿命达到20年以上。
4、基于闪存的固态硬盘在写入时比传统硬盘慢很多，也更易受到写入碎片的影响。
5数据损坏后难以的恢复。传统的磁盘或者磁带存储方式，如果硬件发生损坏，通过目前的数据恢复技术也许还能挽救一部分数据。但如果固态硬盘发生损坏，几乎不可能通过目前的数据恢复技术在失效（尤其是基于DRAM的）、破碎或者被击穿的芯片中找回数据。
6、根据实际测试，使用固态硬盘的笔记本电脑在空闲或低负荷运行下，电池航程短于使用7200RPM的2.5英寸传统硬盘。
7、基于DRAM的固态硬盘在任何时候的能耗都高于传统硬盘，尤其是关闭时仍需供电，否则数据丢失。
8、据用户反映，使用低廉的MLC的固态硬盘在Windows操作系统下运行比传统硬盘慢。这是由于Windows操作系统的文件系统机制不适于固态硬盘。在Linux下无此问题。
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